在購買超聲波清洗機之前，應對被清洗件做如下應用分析： 明確被洗件的材料構成、結構和數量， 分析并明確要清除的污物，這些都是決定所要使用什么樣的清洗方法，判斷應用水性清洗液還是用溶劑的先決條件。
最終的清洗工藝還需做清洗實驗來驗證。只有這樣，才能提供合適的清洗系統、設計合理的清洗工序以及清洗液。考慮到清洗液的物理特性對超聲清洗的影響，其中蒸汽壓、表面張力、黏度以及密度應為最顯著的影響因素。溫度能影響這些因素，所以它也會影響空化作用的效率。 任何清洗系統必須使用清洗液。
超聲清洗的另一個考慮因素是清洗件的上、下料或者說是放置清洗件的工裝的設計。清洗件在超聲清洗槽內時，無論清洗件還是清洗件籃都不得觸及槽底。清洗件總的橫截面積不應超過超聲槽橫截面積的 70% 。橡膠以及非剛化塑料會吸收超聲波能量，故將此類材料用于工裝時應謹慎。
絕緣的清洗件也應引起特別注意。工裝籃設計不當，或所盛工件太重，縱使最好的超聲清洗系統的效率也會被大大降低。鉤子、架子以及燒杯都可用來支持清洗件。
清洗大量污垢的零件一般要采用浸、噴射等方法進行預清洗。在清除了大部分污垢之后，再用超聲清洗余下的污垢，則效果好。如果清洗小物品及形狀復雜的物品（零件）時，如果采用清洗網或者使清洗物旋轉，邊振動邊用超聲輻射，能得到均勻清洗 。
